Khủng bố là mối đe dọa diễn ra gần đây cho Moskva. Cuộc chiến tranh kéo dài giữa Nga với những phần tử cực hữu của Chechnya đã dẫn đến tình trạng những nhóm người này sử dụng biện pháp khủng bố để chống lại chính quyền liên bang. Vào ngày 6 tháng 2 năm 2004 một quả bom đã phát nổ trong một chiếc ô tô trong đường hầm gần ga metro Avtozavodskaya làm chết ít nhất 40 người và làm thương nhiều người khác. Các hành động khủng bố khác có thể kể đến là vụ phá hủy hai tòa nhà chung cư tháng 9 năm 1999 (Xem Vụ đánh bom nhà chung cư ở Nga), vụ nổ trong đường hầm dành cho người đi bộ dưới quảng trường Pushkinskaya trong tháng 8 năm 2000 cũng như việc chiếm giữ nhà hát ở Dubrovka trong tháng 10 năm 2002 mà hơn 100 người đã chết khi các nhân viên của lực lượng an ninh Nga sử dụng khí gây mê để tấn công bọn khủng bố.